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Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  2.6 KB  |  96 lines
  1.  
  2.  
  3.                 toxin model
  4.  
  5.     Date Files:
  6.  
  7.     The small protein scorpion neurotoxin (variant-3) solved in this 
  8.     laboratory was taken from the Protein Data Bank (code is "1SN3").
  9.     The file was edited to remove all but the main reference and protein
  10.     atoms and named "toxin.pdb".
  11.  
  12.     A secondary structure assignment was made based on H-bonding:
  13.         pdb-pro-pdb toxin.pdb toxin.ss
  14.  
  15.     The *.ribbons file consists of only one filename:
  16.         ls toxin.ss > toxin.ribbons
  17.  
  18.     This file was then edited to add a special color file, "protein.color".
  19.  
  20.     The *.coords file consists of only one filename:
  21.         ls toxin.pdb > toxin.coords
  22.  
  23.     The *.model file was generated:
  24.         pdb-model toxin.pdb toxin.model
  25.         ( edited the *.model file to change the menu name )
  26.  
  27.     The *.atoms file will consist of two parts.
  28.     These are all created from a temporary file "tox.sph",
  29.     colored by residue with backbone atoms excluded:
  30.         pdb-res-sph -b 0 toxin.pdb tox.sph
  31.  
  32.     1) create a file of SG atomic spheres:
  33.         grep sg tox.sph > toxin_sg.sph
  34.  
  35.     2) create a file with only aromatic spheres:
  36.         touch toxin-arom.sph
  37.         foreach i ( F Y H W )
  38.             grep $i tox.sph >> toxin-arom.sph
  39.             end
  40.  
  41.     Group atoms together:
  42.         ls toxin-arom.sph > toxin.atoms
  43.         ls toxin_sg.sph >> toxin.atoms
  44.     
  45.     The model was displayed at this stage to color and 
  46.     select the special "ribbon-bonds":
  47.         ribbons
  48.         ( display the ribbon, open Ribbon Panel.
  49.           set Sequence Color = "seq",
  50.           set Print Select = "CB-bond", Print File  => toxin_cb0.rcyl
  51.           set Print Select = "SG-bond", Print File  => toxin_sg0.rcyl
  52.           Exit ribbons )
  53.  
  54.     The *.bonds file will consist of three parts.
  55.     1) The disulphide bonds are set (all CYS form bridges in the toxin):
  56.         mv toxin_sg0.rcyl  toxin_sg.rcyl
  57.  
  58.     2) The ribbon-bonds to the aromatic residues are selected:
  59.         touch toxin_cb.sph
  60.         foreach i ( F Y H W )
  61.             grep $i toxin_cb0.rcyl >> toxin_cb.rcyl
  62.             end
  63.  
  64.     3) The bonds in the aromatic side chains are calculated:
  65.         sph-bond toxin-arom.sph toxin-arom.cyl
  66.  
  67.     Group bonds together:
  68.         ls toxin-arom.bond > toxin.bonds
  69.         ls toxin_sg.rcyl >> toxin.bonds
  70.         ls toxin_cb.rcyl >> toxin.bonds
  71.  
  72.     Create the solid aromatic ring polygons:
  73.         pdb-pro-ring toxin.pdb toxin-ring.tri
  74.  
  75.     Create the *.polys file from this single set:
  76.         ls toxin-ring.tri > toxin.polys
  77.  
  78.  
  79.  
  80.  
  81.  
  82.     Image File:     toxin.rgb
  83.  
  84.     The model was displayed with default settings on the Ribbon Panel
  85.     for everything except:
  86.         Sequence Color = "ss"
  87.         Ribbon Style = "Circle"
  88.         Sheet Width = "2.5"
  89.         Helix Width = "2.2"
  90.     The Geom Panel had the default settings except:
  91.         Sphere Radii = "0.30"  ( for toxin_sg.sph )
  92.         Sphere Radii = "0.45"  ( for toxin-arom.sph )
  93.     The image was saved from the Geom Panel.
  94.  
  95.         12
  96.